All'Istituto Giuseppe Toniolo di Studi Superiori, che ha natura giuridica di Fondazione, la Santa Sede ha demandato sin dall'inizio ed in via permanente di garantire il perseguimento dei fini istituzionali dell'Ateneo del Sacro Cuore.

L'Istituto è intitolato a Giuseppe Toniolo che "in un periodo non facile della Chiesa e della società in Italia, si distinse per la promozione di una serie di iniziative culturali per l'affermazione dell'inscindibile legame tra scienza e valori morali nella cultura".

L'Istituto Giuseppe Toniolo di Studi Superiori ha da sempre la maggioranza nel Consiglio d'Amministrazione e nel Comitato Direttivo dell'Università Cattolica del Sacro Cuore che è stata canonicamente eretta per iniziativa dell'Istituto Toniolo con Decreto della Sacra Congregazione dei Seminari e della Università degli Studi del 25 dicembre 1920 iniziando i corsi accademici l'anno successivo. Nel 2000 essa ha quindi celebrato l'80° Anniversario del proprio riconoscimento canonico e, nel 2001, quello dell'inizio dell'attività universitaria.